尴尬的是，一些科研机构、高校，对科研人员采取的薪酬制度，就是基本工资加津贴、奖励，而津贴、奖励部分大多是自己去挣的，这就是“科研提成”。这部分合理不合法的收入，有时候只能靠虚列支出或增加无关票据来获取。
另据统计，中国科研经费投入中，劳务使用情况占23.6%，而发达国家的比例则达45%。中国科研人员人均每年劳务成本仅有日本的1/12，韩国的1/6。
此外，根据项目不同，研究经费基本能占到65%-75%，为了更具象，这些费用往往需要以实物的形式来体现，而且可报销的范围越来越窄。
“最近五年大家都在吐槽，科研经费，现在已经不是用一个严字可以说明的了。一些教授或者科研人员申请下来的经费，钱进了大学财务处的大门就很难拿出来，每一分钱都要拿发票去报销”，湖北统计局副局长、财税专家叶青说。
这也导致了一些学生到处帮老师找发票，甚至去买假发票的乱象。中国社科界辞去“院士待遇”第一人的章开沅教授就曾公开呼吁，拼命买发票报销，“不用白不用”，这种体制本身就存在问题。
“以前我们能报油票，因为我们一般要开车到做实验的地方去。现在管得严了，油票报不了。要做实验，只能去租车，然后把租车发票拿去报。”中国科学院武汉水生研究所的一名研究员说。
“在我看来，现在科研经费只能起到减少个人支出的作用，也就是说我们不用从自己的工资里掏钱出来花费在科研上，但确实起不了什么创收的作用。”厦门大学的一名青年教师告诉21世纪经济报道记者。
刘军民认为，科研投入应从传统的“以物为本”转到“以人为本”，通过科研经费绩效支出增加人力资本补偿。
11号文的变革方向
“这样的经费管理制度本身就不甚合理。”叶青说，应该尽快改变当前的经费制度。
2014年3月，国务院发布了《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，也就是科技和学术界众所周知的“11号文”，提出了下一步项目和资金管理改革的方向。
11号文确立了以统筹协调、激励导向、问题导向、监管与服务并重、简政放权为核心的改革思路，并在科研项目与资金配置的统筹协调、实行科研项目分类管理、改进科研项目管理流程、改进科研项目资金管理、加强科研资金监管、建立项目和资金管理长效机制、完善激发创新创造活力的政策等7个方面安排了具体改革措施。
争议颇多的劳务费开支上，11号文提出调整劳务费开支范围，将项目临时聘用人员的社会保险补助纳入劳务费科目中列支，同时，结合一线科研人员实际贡献公开公正安排绩效支出，体现科研人员价值，充分发挥绩效支出的激励作用。
新规较早前规则已经灵活很多，如：进一步下放预算调整审批权限，同时严格控制会议费、差旅费、国际合作与交流费，项目实施中发生的三项支出之间可以调剂使用，但不得突破三项支出预算总额。
6月10日，科技部还联合财政部专门召开对于11号文的培训会议，财政部教科文司司长赵路要求各单位尽快制定学习贯彻落实11号文件的措施和办法。科技部、财政部将把各部门、各单位、各地区贯彻落实11号文件的执行情况作为今后一段时间科技管理、巡视检查的一项重点内容，督促有关单位切实采取措施，将科研项目和资金管理改革落到实处。
刘军民建议，应借鉴国际经验，建立面向结果的科研经费使用绩效评价机制，通过构建合理的绩效评价指标体系和标准，并通过后补助、奖励等方式与项目预算安排动态“挂钩”。
