课题的选定甚为关键。
“确定主题是最难的，一方面主题最好要与时俱进，关心国家政策关心的问题。另一方面，主题得具有科研价值和创新性。为了确定一个主题，我们既要阅读大量的学术文献，还得追踪国家热点政策。课题组成员要开很多次会才能最终确定一个主题。”上述青年教师说。
主题确定后，申请人要描述国内外的研究现状，论述该课题的研究背景和研究价值。除此以外，申请人还要拟出研究框架、研究方法和研究计划。为了增加中标概率，申请人对每一个板块都要一再打磨，改稿数十次。
这些工作，青年教师必须亲力亲为，而有带硕士生或者博士生资格的教授，一般都有研究生、博士生来协助完成。
“为了导师的自科项目，我已经四年都没过个好年了。每年基本都是大年三十当天才回去，年初三就要回学校。”某985高校的一名博四学生告诉21世纪经济报道记者。
每年的二、三月份，申请人先把申请书交到学院初审，然后由学院把所有的申请书统一交到学校，再由学校交给国家自科委或者社科委。基金委会把申请书发给专家组进行评阅，要求专家给出是否予以立项的意见。立项的结果一般会在当年的8月份公布。
基金委对课题申报书采取的是“盲审”的方式，在送给评阅人的材料中，申请人的姓名和单位是被隐去的。
“基金委这样做确实做到相对公平，但是申报书后面有参考文献列表。一般专家查参考文献列表大致能猜出来是谁申报的。这样的话，那些导师特别厉害的青年教师或者特别有名气的教授获批立项的几率肯定是大一些。”中南民族大学的一位教师告诉21世纪经济报道记者。
这种由行政主导的科研经费配置，普遍存在“重立项，轻研究”的问题，一旦课题到手，尚未进行研究，就已成为科研人员的“科研成就”。
立项不跑不行。中国工程院院士王梦恕直言：“现在变成这样一种状况，老师和下面的学生成天‘写本子’、跑关系、申请钱，结果跑上了就休息了。”
“863(国家高技术研究发展计划项目)这些都是大项目，争的很厉害，最后该给的拿不到，不该给的拿到了。”王梦恕说。
经费之惑：过低的劳务费
此次审计署对中科院的审计报告显示：中科院所属国家纳米科学中心2012年用已完工项目申报预算，套取财政资金912万元;物理所2009年重复申报项目，套取财政资金606万元。2008年以来，部分院属机构在基本支出、课题和项目经费中列支无关支出等15826.84万元。2013年，物理所、大气所、生态中心超预算列支出国费884.47万元。诸如此类预算执行中的问题还有很多。
审计署2014年第8号公告称，北京邮电大学[微博]软件学院原执行院长在负责科研课题期间，编造劳务人员名单冒领劳务费;厦门大学两位知名教授因负责的课题组使用与课题无关的票据报销科研经费遭处分。
部分受访业内人士认为，列支无关经费或用无关票据报销有时也是无奈之举。近年，国家对科研经费使用的管理日趋严格，这种管理办法的出发点本是减少钻营的空间，但由于管得过死，在使用中反而出现了反效果。
财政部财科所综合政策研究室副主任刘军民认为，当前科研经费支出中存在普遍的合法不合理的浪费、低效使用和滥用行为，以及违规、违纪乃至违法挪用和侵占国家资金。这一方面与监管制度不健全有关，另一方面也存在着由于科研经费管理制度的僵化导致的科研人员逆向选择的因素。
记者调查了解，以高校为例，一个项目获批，拨下来的经费一般由学校财务处统一管理，课题主持人需持发票到财务处报账。根据各个学校的具体情况，学校一般会收取5%左右的管理费。
根据国家自然科学基金项目经费管理办法，只有研究经费、国际合作交流经费、劳务费和管理费可列入支出预算科目，其中研究经费包括科研业务费、实验材料费、仪器设备费、实验室改装费和协作费。
国家对国际合作交流费和劳务费、管理费都有严格的比例限制，根据面上项目、重大重点项目和杰出青年基金项目的不同，劳务费各限制在15%和10%。但劳务费只用于直接参加项目的研究生、博士后人员，不得列支有工资性收入的项目组成员，也就是说，项目中，在高校有薪酬的教师等成员并不能获取额外劳务报酬。
