审计列出2013年中科院在预算执行和其他财政收支中存在的问题，所涉问题金额共计4亿元之巨。
去年以来，震动科技界的广东科技系统窝案，已有近50名官员先后落马，其中多涉及部门“一把手”，发案集中在科技资金使用、分配及信息工程发包环节。
审计报告和腐败大案共同揭示出中国科研项目经费管理制度存在着严重漏洞，中科院审计报告、广东窝案都仅仅是冰山一角。
21世纪经济报道记者调查发现，现行制度下，各个研究机构往往重项目立项、轻研究，一旦课题到手，尚未研究，就已经成为申报人员的科研成就。
另一方面，现行课题制度对诸多费用尤其是劳务费的严苛限制，使得科研人员只能靠虚列支出或增加无关票据来获取本应合理的收入。根据项目的不同，劳务费一般限制在15%、10%，且只用于直接参加项目的研究生、博士后人员，不得列支有工资性收入的项目组成员，也就是说，项目中，在高校有薪酬的教师等成员并不能获取额外劳务报酬。
财政部财科所综合政策研究室副主任刘军民建议，科研投入应从传统的“以物为本”转到“以人为本”，通过科研经费绩效支出增加人力资本补偿。
项目大战：重立项轻研究
数据显示，中国科研经费近年来保持年均20%以上的增长，2013年，中央财政科技支出达到2530亿元，高于财政经常性收入增幅。
这些支出中，很大一部分是以科研经费的形式划拨到具体项目。记者了解到，这些科研项目按级别一般分为国家级、省部级和校级。国家科研项目主要包括自然科学基金和社会科学基金，国家部委也有一些项目，比如教育部有教育部人文社科项目等。同时，各省一般也会提供一些省级项目，学校的项目主要有自主创新项目等。
国家自然科学基金委2013年对各类自科项目支出共计162亿元。
在高校，科研项目不仅关系到教师的职称评定和实际收入，与学校的收入和排名也密切相关。
一般而言，经费盘子分配会更多向985高校倾斜。2013年科研经费最多的五所学校依次是清华大学、浙江大学、上海交大、北京大学和复旦大学，经费总额分别为39.31亿、36.07亿、31.09亿、27.73亿和25.52亿。
据一位未具名的985高校教师介绍，每年的11月份，各大高校都为申请国家自科基金和社科基金点燃战火。学校或者学院会召开专门的“申请基金启动会议”，邀请往年成功申请到基金的同事给还在申请中的同事介绍经验。但这一经费的获取并不容易，不少研究项目持续申请多年也仍未获批。
每年在春节前后，是申请基金的高峰时段，各个院系内部甚至会爆发“抢人大战”。“每个申请课题的主申请人都希望把那些有资历，有名气和科研成果多的同事或朋友拉入自己的阵营，这样课题组的人员配备更优质，能增加中标的概率。”华中科技大学的一名青年教师告诉21世纪经济报道记者。
