补助资金拨付方式：设立备用金按月支付，具体是各乡镇医院每月初将上月发生的补偿费用按分管口径先报县新农合办公室或医保处，审核无误后将补助直接拨各乡镇医院，审核后材料报县财政局结算，财政局根据县相关部门报送的网上报表按规定标准拨付，次年1月进行总决算。
该制度还对乡镇医院及其医护人员制定了罚则，对医院规定15种违规行为将受到警告、通报批评、扣除补助、取消医保定点资格的处罚;对医护人员规定了4种违规违法行为将受到吊销执业资格证书、追究刑事责任的处理;药物配送企业6种行为将受到警告、责令改正、扣除违约金、取消配送资格、追究刑事责任的处理。
