3月8日，有消费者反映购买的多瓶来自农夫山泉湖北丹江口有限公司生产的未开封380ml饮用天然水中出现很多黑色不明物、棕色悬浮物等。接着媒体曝出农夫山泉取水点垃圾遍地，附近水产养殖场、造船码头等排出的废弃物，如各种添加剂、金属、油漆等严重威胁水的质量。
对此，3月13日，农夫山泉方面向公众出示了一份由第三方检测机构谱尼测试提供的检验报告，表明水是合格的。但该检验报告依据的执行标准是浙江省标准DB33/383-2005，而农夫山泉为广东一家企业。
接着又有质疑声音出现。农夫山泉依据的浙江省标准被认为远低于卫生部2004年开始实施的《瓶(桶)装饮用水卫生标准》，且这份标准本身还被认为相较于其自身2002版本，在微生物检测、镉等指标上出现了退步。
根据《食品安全地方标准管理办法》规定，广东省内的食品企业应当依照广东的地方标准作为依据，农夫山泉作为广东的一家企业，却按照浙江省的地方标准进行生产，实在让消费者疑惑。
4月11日，农夫山泉官方微博公开回应称，农夫山泉饮用天然水的产品品质始终高于国家现有的任何饮用水标准，优于现行的自来水标准——《生活饮用水卫生标准》GB5749;农夫山泉产品的砷、镉含量低于检测限值;霉菌和酵母菌亦均无法检出。
浙江省卫生厅和浙江省质监局联合提供的《关于浙江省地方标准相关情况的通稿》显示，在霉菌、酵母等微生物指标方面，不比国家标准及广东省地方标准宽松。依据浙江省相关标准评判，农夫山泉产品全部合格。
但中国民族卫生协会4月14日发布公告指出地方政府涉嫌袒护。同时，对农夫山泉提出严厉批评，并再次确认，农夫山泉执行的产品标准不如自来水标准，有待提高。
有媒体指出，浙江地方标准“DB33/383-2005”的起草单位包含浙江方圆检测集团股份有限公司、浙江省疾病预防控制中心、浙江公正检验中心有限公司、农夫山泉股份有限公司。仅农夫山泉一家是饮用水生产企业。
“战争”的另一端也在持续发酵。在4月11日农夫山泉的一份声明中，矛头直指竞争企业——华润怡宝，称该公司的网页上存在污蔑农夫山泉的行为，且怀疑这段时间遭受的“质量门”是对方幕后策划所导致。4月11日晚间，华润怡宝发布声明予以否认。4月12日农夫山泉再发微博，认为“作为一家国有控股企业和上市公司，华润怡宝不要有胆做，没胆认”。
有分析人士认为，农夫山泉“质量门”的背后，折射出的是我国饮用水标准中，“一个水‘N’种标”的乱象。
