据镇江市人民检察院指控，2005年上半年至2013年5月期间，朱拥军利用担任镇江市城市水利管理处副主任、主任，兼任镇江市城市防洪工程建设管理处主任、引航道闸站工程建设管理处主任、古运河综合整治工程建设处主任职务之便，在水利工程管理、工程款支付以及干部职务提拔等方面为他人谋取利益，多次非法收受他人财物，共计折合人民币40.6778万元。
庭审过程中有一个细节，公诉人向朱拥军确认其在被纪委带走调查之后，为何会出现对自己受贿行为曾全盘推翻的情况，朱拥军称因为身体原因和心理因素，“以为这件事情会有转机的”。或许正是这种侥幸的心理，朱拥军在担任领导职务的时候，出现了为工程中标单位和个人提供便利、为下属职务提拔提供帮助两类受贿的事实，涉案的工程包括了引航道水利枢纽管理区景观绿化工程、镇江古运河综合整治工程等等。
在七项主要受贿事实中，朱拥军每次的受贿金额并不是很高，大多是两三万，最高的一笔是先后5次非法收受无锡一家电缆公司镇江销售部经理史某的13万元;最低的一笔则是收受了一件皮风衣和一条裤子，金额为6000多元，“正好我要过生日了”，朱拥军如此解释。事实上，在庭审过程当中，从朱拥军口中听到的受贿的因由大多是“女儿要出国读书”、“和我搞好关系”等等，其本人之前也一度否认这些属于受贿行为。
由于朱拥军担任职务之多，建筑工程本身多有临时办公室，除了在办公地点堂而皇之受贿之外，在与工程单位的酒席之间，甚至在自己居住小区的门口，朱拥军都没有克制住自己。“给我送了两盒香烟和两盒茶叶，然后茶叶罐里有两万块钱”，朱拥军在庭审中曾如此描述一次受贿细节。
庭审中，朱拥军对于受贿行为供认不讳，而曾经给自己送钱的“财神爷”如今都转为指证自己受贿的污点证人，朱拥军最后陈述中用“善恶到头终有报”来总结。检方的量刑建议是10年到11年半，因本案具有较大影响，并且需要对其中一笔受贿事实进一步核实，本案当庭并未宣判。
