我国著名的科学家祖冲之，曾在乐游苑内装置过精巧实用的水碓磨，创制了使用机械开动的“日行千里车”改造了古代的指南车。
覆舟山因处台城之南，西边紧邻皇宫，东面是战略要地龙尾坡(今富贵山)，同为宫城屏障，军事要隘，成为兵家必争之地。东晋时这一带曾发生过数次重大战役，有苏峻之乱、桓玄篡晋、侯景之乱，以及隋兵渡江伐陈。作为皇家园林的乐游苑在战乱中遭遇焚毁。
隋唐宋元以降，覆舟山风光不再，昔时的胜景，成了人们谈论、追忆的话题。
民国时期，九华山再次成为人们关注的焦点。1942年底，日本侵略军在雨花台大报恩寺遗址，图谋建造“稻荷神社”，以纪念他们攻打南京时的阵亡将士。在施工过程中，发现了地宫，获得一石函，函内供奉玄奘大师顶骨舍利，并记载了唐代高僧玄奘大师顶骨舍利来南京安奉的经过。日军妄图强行占为己有，在南京爱国民众及护法僧侣的抗议下，与侵略军及当时汪伪投降政府斗智斗勇，迫使日本侵略军将玄奘大师部分顶骨舍利归还中国。1943年初，在南京爱国人士的呼吁下，又迫使汪伪投降政府在南京九华山防照西安大雁塔，建了一座体量较小，四面五层，青砖砌成的宝塔，以供奉玄奘大师顶骨舍利，命名“三藏塔”。
2003年7月，南京栖霞寺监院传真法师，为继承玄奘大师民族精神，“教育今人，更激来者”，建议玄武区委区政府，争取市政府同意，并由当时玄武区建设局杨卫国局长亲自指挥下，恢复原山上的小九华寺，更名为南京玄奘寺，并成为南京市乃至江苏省第一所以寺庙为载体的青少年爱国主义教育基地。
玄奘寺掩映在绿树环抱之中，走进南京九华山，瞻礼玄奘寺和三藏塔，宛如进入城市山林，绿树成荫，梵音塔影，环境净㴵，意境深邃。深厚的文化底蕴和良好的生态环境，使九华山，以“九华丹青”之名，入选南京新四十景之一。
